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Os lagos têm origem variados, distinguindo-se vários processos de formação. Estes podem actuar isoladamente ou em conjunto.

Algumas bacias lacustres devem-se a acontecimento de origem tectónicas. Os movimentos da crusta terrestre, quer sejam de soerguendo ou de afundamento de blocos rochosos, originam lagos profundos e de grande extensão superficial, que apresentam geralmente vertentes íngremes. Por exemplo, movimentos epirogenicos ocasionaram o isolamento de mares, como o caso de mar cáspio e do mar do aral (lagos residuais).

Os lagos podem resultar de actividade vulcânica. Crateras de vulcões extintos formam depressões que se enchem de água. O colapso do tecto de cameras magmáticas parcialmente vazias pode resultar em caldeiras, que posteriormente são ocupadas por água.

Outros lagos naturais surgiram devido a acontecimento graduais, como os lagos da península do lucatao, no méxico, que resultaram de dissolução de rochas calcários, ao longo de fissuras e fracturas, ao ponto de originarem depressões chamadas dolinas.

Também a acção erosiva dos rios pode isolar depressões, formando lagos em locais de quedas de água ou em áreas de planícies aluviais, onde ocorre o estrangulamento das curvas dos rios (meandros) em consequência da acumulação de sedimentos.

Os lagos são efemenos do ponto de vista geológico, visto que a sua destruição se inicia no momento em se formam. Isto é, os afluentes que os abastecem de água, também descarregam sedimentos que vão reduzindo a profundidade. Ao mesmo tempo, esses afluentes escavam fendas profundas nas margens do lago, provocando perdas de água cada vez maiores. Para além disso, em lagos pouco profundos, o desenvolvimento de vegetação aquática favorece a formação de pântanos nas margens.

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